流动注射分析的原理是先将液体样品注入到动的、非间隔连续载流由适当液体构成中?注入的样品形成一个带，被传送到检测器。
检测器连续地记录由于样品通过流通池而引起吸光度、电极电位或其他物理量的变化。
当流体在流动注射分析仪通道中运动时进行着复杂的物理与化学过程。
流动注射分析是上述三条原理的组合即样品注入、注入样品带的受控分散、样品带从注入口流到检测器的可重现的时序。
由于试样溶液在严格控制的条件下在试剂载流中分散，因而，只要试样溶液注射方法、在管道中存留时间、温度和分散过程等条件相同，在非反应平衡状态下就可以按照标准对比法?测定试样溶液中被测物质的浓度。这是流动注射区别于其它分析方法的一个明显的特征，也是能获得较高分析速度的原因。
流通池气泡的排除
不能够有气泡存在于流通池（与比色皿类似），如果排不出气泡，可以先取出流通池，将其轻轻磕打，等到排出气泡就行（流通池管道:长进短出，向下插入有箭头的面），当进入气泡时候，就会有奇怪的峰形出现
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